Jalan cerita Naruto 3Babak keempat dimulai. Naruto akhirnya bertarung melawan Neji yang kuat, dengan tekad dan kecerdikannya Naruto pun dapat mengalahkan Neji serta memenuhi sumpahnya pada Hinata yang kebetulan menyaksikan pertarungan itu. Shikamaru mengalahkan Temari dengan kecerdikannya, tetapi malah menyerah diakhir perttandingan padahal ia bisa menang. Kankorou mengundurkan diri membuat Shino kesal. Pertarungan Sasuke dan Garaa memakan waktu paling lama, karena Sasuke terlambat datang bersama Kakashi. Garaa di desak oleh Sasuke hingga terpaksa bersembunyi di dalam perisai pasir dan hendak mengeluarkan Ichibi. Sasuke melancarkan serangan Chidori membuat perisai pasir hancur dan Garaa terluka untuk yang pertama kalinya. Ichibi nyaris keluar, semua kacau saat terdengar ledakan di gerbang Konoha, Kazekage menyerang Hokage 3 dan para ninja negeri pasir dan bunyi bergerak menyerang, Konoha dalam bahaya ...
* Penghancuran Konoha
Garaa yang terluka dibawa lari oleh Kankorou dan Temari ke hutan, sementara Sasuke mengejar mereka. Para penonton tertidur karena terkena serangan ilusi dari Kabuto yang menyamar sebagai anggota ANBU. Hanya beberapa ninja yang tidak terpengaruh, antara lain Kakashi, Guy, Sakura dan Shino. Naruto yang terkena dibangunkan oleh Sakura, sementara Shikamaru pura - pura pingsan pun dibangunkan. Shikamaru, Sakura dan Naruto mengejar Sasuke dibantu oleh pakkun. Kazekage ternyata adalah Orochimaru yang menyamar, Hokage 3 pun memulai pertarungan sengitnya dengan Orochimaru yang memanggil Hokage 1 dan Hokage 2 dengan jurus terlarang untuk membunuh Hokage 3. Kankorou bertarung dengan Shino yang muncul tiba - tiba, keduanya draw. Sasuke mengalahkan Temari lalu mengejar Garaa. Sasuke nyaris terbunuh oleh Garaa. Untungnya, Naruto dan Sakura tiba. Shikamaru melawan para ninja bunyi tetapi kehabisan cakra. Dia ditolong oleh Asuma disaat kritis. Garaa menyerang Sakura, membuat Naruto yang semula ketakutan pada Garaa menjadi marah. Sasuke yang sudah lemah tidak dapat menolong Naruto. Garaa berubah menjadi Shukaku. Naruto hendak memanggil kamabunta, tetapi malah kamagichi yang keluar. Katak kecil putra kamabunta. Naruto berhasil memanggil kamabunta dengan cakra rubah ekor sembilannya. Pertarungan sengit terjadi, Naruto dan kamabunta menang melawan Garaa. Sementara di Konoha, Hokage 3 menggunakan jurus mematikan yang mengharuskan penggunanya mengorbankan nyawa untuk menghisap nyawa Orochimaru. Malangnya, Orochimaru lolos dan hanya roh kedua tangannya yang terhisap. Pertempuran berakhir dengan mundurnya musuh dan kematian Hokage 3.
* Kunjungan Tak Terduga
Seusai pemakaman Hokage 3, dua sosok menyaksikan Konoha yang sudah porak - poranda dari kejauhan. Mereka adalah anggota Akatsuki yang dapat diartikan sebagai fajar dan juga bisa menjadi artinya kiamat, tergantung penulisannya dengan kanji. Kakashi mendapatkan informasi mengenai organisasi akatsuki dari Jiraiya. Sasuke diundang oleh Kakashi untuk minum di sebuah kedai, dimana di kedai tersebut dua anggota akatsuki tadi sedang istirahat. Kurenai dan Asuma tiba, mereka mengikuti dua anggota akatsuki tadi. Kurenai dan Asuma kaget saat mengetahui bahwa salah satu dari mereka adalah Itachi Uchiha. Seorang clan Uchiha yang membantai seluruh anggota clannya serta merupakan kakak kandung Sasuke yang ingin Sasuke bunuh. Itachi ditemani oleh seorang pengkhianat dari negeri kabut, Kisame Hoshigaki. Juga senior dari Zabuza. Asuma dan Kurenai nyaris kalah hingga Kakashi tiba. Pertarungan Kakashi dan itachi dimenangkan Itachi. Kakashi terluka mental karena jurus ilusi Itachi. Guy tiba dan membuat Itachi serta Kisame kabur.
Cerita lanjutan Naruto