Naruto teamHokage 3 memanggil para Jounin Konoha untk mendiskusikan mengenai ujian chunin antara Konoha dan Sunagakure. Para Jonin sepakat untuk mengadakan ujian dan mengirim ninja - ninja pilihan mereka. Saat pendaftaran ujian Naruto, Sasuke dan Sakura bertemu dengan banyak saingan baru yang kuat antara lain, Gaara, Kankurou, Temari, Rock Lee, Neji Hyuga dan lain - lain. Ujian awal dimulai dengan tes tertulis, berkat Naruto sebagian besar peserta dapat lulus. Ujian kedua berupa pencarian gulungan di hutan. Diluar dugaan, Naruto, Sasuke dan Sakura diserang oleh salah satu sannin legendaris Orochimaru yang menyamar menjadi peserta. Orochimaru menandai Sasuke sebagai calon pengikutnya. Naruto dan yang lainya berhasil lolos berkat Kabuto yang banyak memberi petunjuk pada Naruto, Sasuke dan Sakura. Sementara itu, Kiba, Hinata dan Shino menyaksikan kehebatan Gaara yang mengerikan, babak ketiga dimulai ! Babak ketiga dimulai, Kabuto tiba - tiba mengundurkan diri membuat Naruto keheranan. Pertarungan sengit dimulai antara Sakura versus Ino, Neji versus Hinata, Naruto versus Kiba, Garaa versus Rock Lee dan lain - lain. Pertarungan demi pertarungan berakhir dengan mengharukan, Naruto yang melihat kekejaman Neji saat melawan Hinata berjanji untuk mengalahkan Neji. Pertarungan Lee melawan Garaa adalah yang paling sengit dimana Lee terpaksa menggunakan serangan pamungkasnya ula renge, membuat Garaa terdesak dan nyaris gelap mata membunuh Lee apabila guru Guy tidak datang tepat waktu untuk menghentikannya. Sementara itu Kakashi memberikan pembatas segel yang diberikan Orochimaru pada Sasuke. Kakashi nyaris bertarung dengan Orochimaru yang tiba - tiba muncul. Disini juga terungkap bahwa Kabuto adalah mata - mata Orochimaru. Babak ketiga usai...
* Jiraiya, Sang Sannin Katak
Hokage 3 memberikan masa istirahat dan latihan untuk para peserta selama 3 bulan sebelum babak ke-4 dimulai. Naruto pun dilatih oleh guru pribadi Konohamaru untuk latihan berjalan di atas air. Sedangkan Kakashi melatih Sasuke. Naruto yang menjalani latihan dengan guru barunya ini bertemu dengan seorang pertapa aneh yang mengaku bernama Jiraiya sang sannin katak. Jiraiya lalu membuka segel dari Orochimaru saat babak kedua. Naruto lalu memaksa Jiraiya untuk mengajarinya jurus baru karena menganggap Jiraiya telah menggangu latihannya. Jiraiya mengajarkan jurus pemanggilan. Semula Naruto hanya dapat memanggil seekor berudu merah kecil, setelah Jiraiya melemparkannya ke tebing, Naruto berhasil memanggil Gamabunta. Jiraiya tertarik pada sifat Naruto yang penuh tekad dan pantang menyerah menjinakkan Gamabunta.
* Bulan Sabit Merah
Sepulang latihan, karena kelelahan Naruto dibawa Gamabunta ke rumah sakit. Di rumah sakit, Naruto mendapat kunjungan dari Shikamaru. Mereka berdua lalu mendapati Garaa mencoba membunuh Lee yang sedang tidur. Saat guru Guy muncul Garaa ketakutan dan pergi. Garaa pergi memata - matai latihan Sasuke dan Kakashi, Ia ketahuan oleh Kakashi. Gaara memutuskan untuk pergi. Malamnya Ia membunuh shinobi negeri bunyi yang mencoba membunuhnya di bawah bulan sabit merah.
Cerita lanjutan Naruto